1983年3月，全国人大原副委员长布赫在中央经济工作会议上提出建设集通铁路，得到了万里副总理支持。1985年5月，内蒙古自治区党委十八次常委会决定，成立内蒙古地方铁路总公司，由自治区政府主席布赫任内蒙古地方铁路总公司第一任董事长，自治区党委副书记千奋勇任第一任副董事长兼总经理。1995年7月16日，内蒙古自治区政府和铁道部按照“联合经营、统一运输、独立核算”的原则，共同组建内蒙古集通铁路有限责任公司，注册资本金为人民币8亿元，铁道部出资4.2亿元，持股52.5%；自治区政府出资3.8亿元，持股47.5%。1998年12月，按照双方实际投入资金重新确定股权比例为铁道部60%、自治区政府40%。2003年11月，内蒙古自治区政府将持有的40%股权划转自治区国资委监管。2004年12月，铁道部和内蒙古自治区政府将注册资本金外的资金投入和偿还世界银行贷款共计9.49亿元，转为对公司的增资，增资后公司注册资本增加到17.49亿元。2005年5月，内蒙古自治区国资委将所持股份分别转让给华能集团北方联合电力有限责任公司30%、中铁六局集团呼和浩特铁路建设有限公司0.43%、中铁十三局集团电务工程有限公司0.43%。目前，铁道部出资10.49亿元，持股60%；华能集团北方联合电力有限责任公司出资5.25亿元，持股30%；内蒙古自治区国资委出资1.69亿元，持股9.14%；中铁六局集团呼和浩特铁路建设有限公司出资0.075亿元，持股0.43%；中铁十三局集团电务工程有限公司出资0.075亿元，持股0.43%。2008年7月9日，集通公司在经营范围覆盖铁路运输、煤炭营销、工程建设等多领域基础上，经铁道部批准正式组建内蒙古集通铁路（集团）有限责任公司。